- 相關(guān)推薦
相鄰堿基組分與產(chǎn)生SNP的轉(zhuǎn)換或顛換在植物基因組中的研究
堿基替換突變是形成物種多態(tài)性和造成生物進(jìn)化的根本原因之一.近年的研究表明:基因組的堿基組分在不同程度上與堿基替換突變的發(fā)生相關(guān).以水稻全基因組3611007個(gè)SNPs(包括45462個(gè)編碼區(qū)SNPs和242811個(gè)內(nèi)含子區(qū)SNPs)和擬南芥全基因組32019個(gè)SNPs為研究對(duì)象,研究突變位點(diǎn)周?chē)膲A基A&T(A和T)的使用頻率和點(diǎn)突變類(lèi)型的相關(guān)性,結(jié)果表明:水稻和擬南芥全基因組上轉(zhuǎn)換和顛換的比值(Ts/Tv)以及緊鄰?fù)蛔兾稽c(diǎn)(上下游各1個(gè)堿基)上A&T堿基的個(gè)數(shù)負(fù)相關(guān).統(tǒng)計(jì)了6種SNP的AT2(直接相鄰的堿基是A或T的個(gè)數(shù))和AT0(直接相鄰堿基是C或G的個(gè)數(shù)),發(fā)現(xiàn)水稻和擬南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,說(shuō)明C/G型SNP可能受直接臨近區(qū)域上A&T堿基的影響最大.在水稻全基因組SNPs中,A&T堿基影響突變的范圍局限在突變位點(diǎn)上下游2個(gè)堿基內(nèi).擬南芥A&T堿基影響其全基因組SNPs的范圍不超過(guò)上下游4個(gè)堿基.
李啟寨(中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所暨北京華大基因研究中心,北京,101300;中國(guó)科學(xué)院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院,北京,100080;中國(guó)科學(xué)院研究生院,北京,100039)
李俊,曾長(zhǎng)青,胡松年,于軍(中國(guó)科學(xué)院北京基因組研究所暨北京華大基因研究中心,北京,101300)
刊 名： 中國(guó)科學(xué)C輯 ISTIC PKU 英文刊名： SCIENCE IN CHINA SERIES C:LIFE SCIENCES 年，卷(期)： 2006 36(1) 分類(lèi)號(hào)： Q94 關(guān)鍵詞： 點(diǎn)突變 單堿基多態(tài)性 替換 替換偏差 轉(zhuǎn)換 顛換【相鄰堿基組分與產(chǎn)生SNP的轉(zhuǎn)換或顛換在植物基因組中的研究】相關(guān)文章：
任務(wù)轉(zhuǎn)換中的執(zhí)行控制研究04-26
多水平研究中的概念轉(zhuǎn)換模式--以氣氛研究為例04-26
有機(jī)電致發(fā)光器件中幾種常用組分的熒光光譜研究04-27
體內(nèi)重組工程:功能基因組研究中的一種新武器04-26
坐標(biāo)轉(zhuǎn)換模型問(wèn)題研究04-27
模擬土壤組分高嶺土和蒙脫石中Cu(Ⅱ)污染的電動(dòng)修復(fù)研究04-27
CAD數(shù)據(jù)坐標(biāo)轉(zhuǎn)換方法的研究04-27